Struktur organisasi Badan Kepegawaian Daerah Kabupaten Klaten berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Klaten Nomor 23 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Kepegawaian Daerah Kabupaten Klaten adalah sebagai berikut :
- Kepala Badan Kepegawaian Daerah.
- Sekretariat Badan Kepegawaian Daerah, membawahi :
- Sub Bagian Perencanaan dan Pelaporan;
- Sub Bagian Keuangan;
- Sub Bagian Umum dan Kepegawaian. - Bidang Umum Kepegawaian :
- Sub Bidang Administrasi Umum, Dokumentasi dan Pengolahan Data;
- Sub Bidang Pembinaan Disiplin, Perundang-undangan dan Kesejahteraan Pegawai. - Bidang Pengembangan Pegawai :
- Sub Bidang Pengadaan dan Pengembangan Pegawai;
- Sub Bidang Pendidikan dan Pelatihan Pegawai. - Bidang Mutasi :
- Sub Bidang Penggajian, Kepangkatan, Pemberhentian dan Pensiun;
- Sub Bidang Mutasi Jabatan dan Staf.
